Фамилия Казекенов — редкий пример, где основа уходит в тюркский пласт, а суффикс — в русскую паспортную традицию. Разберём её по частям.

Корень «Казекен» — это сложное тюркское имя или прозвище. Скорее всего, оно состоит из двух частей: «каз» (казах, или глагол «копать», «рыть», а в переносном смысле — «упрямый», «настойчивый») и «екен» (в тюркских языках — «оказывается», «ведь», частица, придающая уверенность, или же суффикс, образующий имя от глагола). Самая вероятная версия: Казекен — это вариант имени Казыбек (где «бек» — господин), но с заменой титульной части на уменьшительно-ласкательный тюркский суффикс «-кен». То есть буквально — «маленький казах» или «упрямец», но скорее как ласковое домашнее имя.

Русский суффикс «-ов» превратил это личное имя в фамилию по стандартной модели: «чей?» — Казекенов, то есть сын Казекена. Такая модель массово закреплялась за нерусскими народами в XIX–XX веках при выдаче паспортов и ведении метрических книг.

Географически фамилия почти наверняка привязана к казахской степи или к регионам с компактным проживанием казахов в России (Астраханская, Оренбургская, Омская области). Встречается она редко — носителей можно пересчитать по сотням, не тысячам. Это говорит о том, что родоначальник был не из знатного рода (иначе фамилия была бы распространена шире), а из простых кочевников или крестьян, чьё имя записали при первой переписи.

Отдельного внимания заслуживает то, что фамилия избежала типичной тюркской модели на «-улы/-кызы». Выбор русского суффикса «-ов» — признак того, что предки подпали под административное влияние Российской империи, где требовалось «обрусить» фамилию для учёта. Двойная тюркская основа при этом сохранилась, что делает Казекенова своеобразным лингвистическим гибридом: имя — чисто степное, а оформление — канцелярское, волостное.