Фамилия Кужильные — одна из тех, что сразу выдают профессиональные корни предков. В её основе лежит прозвище Кужильный, которое напрямую связано с ремеслом. Украинское слово «кужіль» означает «пряжа» или «кудель» (очищенное волокно льна, приготовленное для прядения). Соответственно, «кужильный» — это «прядильный» или «сделанный из пряжи». Первый и самый очевидный вариант: предок занимался прядением либо изготовлением прялок и веретен.

Но ономастика редко даёт односложные ответы. Слово «кужель» в разных славянских говорах обросло дополнительными значениями. В новгородских и вологодских землях кужелем называли кудрявого человека — прозвище могли дать за пышную шевелюру. В Тверской губернии «кужа» — это плетёная воронка для ловли рыбы, так что прозвище Кужильный мог получить рыболов, использующий такую снасть. Есть и бытовая версия: «кужель» иногда шутливо применяли к полному, грузному человеку.

Фамилия оформлена по типичной украинской модели: от прозвища через суффикс притяжательности. В русском написании она получила окончание -ые, что характерно для фамилий, закрепившихся в форме множественного числа (как ответ на вопрос «чьи?» — Кужильные). Такая модель распространена на Украине и на юге России, особенно в среде казачества. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но процесс перехода прозвища в наследственное имя шёл в XVI–XVII веках.