Фамилия Кузилина — женская форма фамилии Кузилин, а та, в свою очередь, образована по самой распространённой в русском языке модели: от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кузилин — «чей?» — «сын Кузилы» или «человек из семьи Кузилы». Основа здесь — прозвище Кузила, которое напрямую связано с глаголом «кузить» — в русских говорах это означало «упрямиться, капризничать, делать что-то назло». Соответственно, Кузилой в старину могли прозвать человека своенравного, строптивого, с характером.

Версия, что в основе лежит уменьшительная форма крестильного имени Кузьма (Кузя, Кузила), менее вероятна, хотя и встречается в любительских разборах. Дело в том, что для имени Кузьма типичны суффиксы -ин, -ов (Кузьмин, Кузьминов), а форма «Кузила» — это скорее усечённое прозвище, чем ласкательное имя. В словаре древнерусских прозвищ и имён (например, у Степана Веселовского) есть примеры, где корень «куз-» связан именно с характером, а не с именем. Кроме того, в псковских и тверских говорах «кузила» фиксируется как прямое обозначение «упрямца», что делает прозвищную версию основной.

Географически фамилия Кузилин (и, соответственно, Кузилина) чаще всего встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это зона, где хорошо сохранилась диалектная лексика. Там же бытуют однокоренные фамилии Кузин, Кузюлин, Кузяев, но именно Кузилин — более редкая форма, указывающая на конкретное прозвище предка.

Таким образом, носительницы фамилии Кузилина могут считать своим предком человека, которого в деревне прозвали Кузилой за упрямство или капризный нрав. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по поведению, а не по роду занятий.