Фамилия Кузилий — редкая и нестандартная для восточнославянского ареала. Если присмотреться к её окончанию, сразу бросается в глаза суффикс -ий, который нехарактерен для типичных русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский. Такое окончание чаще встречается у фамилий украинского, польского или белорусского происхождения, образованных от прилагательных или прозвищ. В русской традиции подобная форма могла закрепиться в результате полонизации или через канцелярскую запись фамилии по польскому образцу.

Основа фамилии — Кузил- — указывает на прозвище или мирское имя Кузила. Скорее всего, оно связано с глаголом «кузить» или «кузать», который в некоторых русских говорах означал «делать что-то неловко, портить», «гнуть, мять» или «кукситься, хныкать». Человек, получивший прозвище Кузила, мог отличаться неуклюжестью, капризным нравом или, наоборот, привычкой постоянно что-то мастерить, но неловко. Есть и более прозаичная версия: в ряде западных диалектов «кузя» — это кузнец или мастеровой, так что Кузилий мог быть потомком кузнеца, но с уменьшительно-ласкательным оттенком.

Суффикс -лий — это нестандартное окончание, которое в фамилиях встречается редко. Вероятно, это результат адаптации польской или украинской формы на -лий (-ły) к русскому произношению. В польском языке суффикс -ły часто образует прилагательные от глаголов (например, «zgniły» — гнилой), а в фамилиях он указывал на характерное свойство предка. Таким образом, Кузилий могло значить «тот, кто кузил» — то есть обладатель соответствующего прозвища.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, особенно к бывшим территориям Речи Посполитой — Смоленщине, Брянщине, Волыни или Подолью. В центральных и северных русских губерниях она почти не встречается, что подтверждает её западное происхождение. Сословно носителями фамилии, скорее всего, были крестьяне или мещане — фамилии с таким суффиксом редко попадали в дворянские родословные книги.

Однокоренных фамилий немного: Кузин, Кузенков, Кузиков — все они образованы от тех же корней, но с другими суффиксами. Кузилий стоит особняком благодаря своему окончанию, которое делает фамилию легко узнаваемой и не позволяющей спутать её с более массовыми вариантами.