Фамилия Кузькиина — редкий и показательный случай, когда написание хранит следы старой русской орфографии. На слух её легко спутать с более распространённой Кузькиной, но двойное «и» в суффиксе — не опечатка и не случайность. Такой вариант обычно указывает на то, что фамилия писалась через «i» (десятеричное), которое в дореволюционной азбуке стояло перед гласными. В фамилиях вроде Кузькиин двойное «и» могло закрепиться, если исходная форма звучала как «Кузькиин» — то есть принадлежащий не просто Кузьке, а Кузькии (женщине по имени Кузькия) или же образованный от прозвища Кузькия. Впрочем, возможен и более простой путь: фамилию могли «исправить» при записи в метрическую книгу, искусственно удлинив суффикс по аналогии с другими фамилиями на -иин (например, Голицын — Голицыин).

Основа фамилии — каноническое имя Косма (в просторечии Кузьма). От него образовали уменьшительную форму Кузька, а от неё — притяжательное прилагательное «Кузькин» (чей? — Кузькин). Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Кузькин — сын Кузьки. Форма Кузькиин — это, по сути, та же модель, но с утроением суффиксального «и», что встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии на -иин фиксировали как «длинные» варианты.

Географически фамилия Кузькиина (и её мужской вариант Кузькиин) тяготеет к регионам, где в XIX веке активно работали переписчики, привыкшие к старой орфографии: Вологодская, Архангельская, Вятская губернии. В современных базах она встречается редко, что делает её маркером локальной семейной традиции. Социально носители такой фамилии — скорее всего, потомки крестьян или мещан, а не дворян: фамилии на -ин у дворян обычно образовывали от полных форм имени (Кузьмин), а не от уменьшительных.

Если сравнивать с однокоренными: Кузькин — стандартная форма, Кузькиных — вариант с окончанием -их (типичен для севера), а Кузькиина — архаичная орфографическая «реликвия». Носительнице этой фамилии стоит знать: её предки, скорее всего, жили в северной или северо-восточной части России, а сама фамилия — живое свидетельство того, как писали до реформы 1918 года.