Фамилия Кузьмаковы (или в мужском роде — Кузьмаков) по своему происхождению — «патронимическая», то есть образованная от личного имени предка. В основе лежит народная форма крестильного имени Косма — Кузьмак. Само имя Косма (в русском обиходе чаще звучавшее как Кузьма) пришло из греческого языка, где было связано со словом «космос» — мир, порядок, мироздание, а в переносном смысле — «украшение». Таким образом, имя означало «устроитель мира».

Фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе Кузьмак- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Кузьмаков, то есть сын, потомок Кузьмака). Это одна из самых распространённых словообразовательных схем в русской ономастике, что делает фамилию Кузьмаков типичным, но не шаблонным примером: суффикс -ов здесь присоединён не к полной форме имени (Кузьма), а к уменьшительно-ласкательному варианту на -ак.

Хотя точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и посадских людей растянулся на несколько столетий и завершился только к XIX веку — ясно, что предки носителей фамилии Кузьмаковы были людьми простого звания. Фамилии на -ов от уменьшительных форм имён (Гаврила → Гаврилак → Гаврилаков, Иван → Иванак → Иванаков) типичны для крестьянской и мещанской среды, особенно на севере и в центральных губерниях России. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне и духовенство, Кузьмаковы — фамилия «земская», указывающая на корни в сельской общине.