Фамилия Кузьмакова — женская форма от Кузьмаков, и её происхождение напрямую связано с крестильным именем Косма (в просторечии Кузьма). Это имя греческого происхождения (kosmos — «мир, порядок, мироздание») пришло на Русь вместе с христианством и быстро обросло народными формами: Кузьма, Козьма, Куземка. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Кузьмак (уменьшительно-ласкательная форма имени Кузьма) добавили суффикс принадлежности -ов. Таким образом, Кузьмаков — буквально «сын Кузьмака», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково Кузьмаком.

Интересная деталь: фамилия Кузьмакова встречается заметно реже, чем Кузьмина или Кузнецова, хотя все они восходят к одному корню. Дело в том, что суффикс -ак (как в Кузьмак) в русских фамилиях встречается реже, чем -ин или -ов, и часто указывает на северные или северо-восточные регионы России — Вологодчину, Архангельскую область, Поволжье. В этих местах уменьшительные формы с -ак были особенно распространены в XVI–XVII веках, и фамилия Кузьмаков могла закрепиться именно там, а не в центральных областях, где чаще говорили «Кузьмин».

С точки зрения социального происхождения, Кузьмаковы — почти наверняка потомки крестьян или посадских людей. Фамилии на -ов, образованные от уменьшительных форм имени, в массе своей принадлежали непривилегированным сословиям: дворянские роды чаще брали фамилии от полных форм имени или от прозвищ. Если верить данным переписей, в XIX веке Кузьмаковы плотно фиксируются в Вятской и Костромской губерниях — регионах, где было много государственных и экономических крестьян.

Правописание через «а» в окончании (Кузьмакова) — это стандартная женская форма, которая не меняет корневого смысла. В дореволюционных документах фамилия могла писаться как Кузьмаковъ, а в некоторых говорах встречается вариант Куземакова — от той же основы, но с другим чередованием гласных. Однако основной и исторически верный вариант — именно через «у» в первом слоге, так как имя Кузьма произносилось именно так, без редукции.