Фамилия Кузьмаков ведет начало от крестильного имени Косма, которое пришло на Русь из греческого языка. В оригинале это имя было связано со словом kosmos — «мир, порядок, мироздание», а в переносном значении — «украшение». На русский язык Косма переводится как «устроитель мира». Однако в народной среде это имя быстро обросло разговорными вариантами, и одним из них стала форма Кузьмак. Именно она и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Кузьмак добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кузьмаков, то есть сын или потомок Кузьмака. Суффикс -ак в имени Кузьмак характерен для уменьшительно-ласкательных или обиходных форм на юге и западе России, а также в украинских и белорусских говорах. Это сразу отличает фамилию от более распространенной Кузьмин, где основа — каноническая форма Кузьма.

Интересно, что фамилия Кузьмаков встречается заметно реже, чем Кузьмин или Кузнецов. Если верить статистике открытых телефонных справочников, основные очаги бытования — Ростовская область, Краснодарский край и некоторые районы Поволжья. Это косвенно подтверждает южное происхождение суффикса -ак. В северных и центральных губерниях чаще говорили Кузьма, Кузьмич, а форма Кузьмак осталась локальной.

В дореволюционных переписях фамилия фиксировалась в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» нет — это типичная фамилия простого сословия, возникшая не раньше конца XVII века, когда патронимы на -ов стали закрепляться за целыми семьями. Споров о происхождении основы практически нет: все ономасты (от Унбегауна до современных исследователей) сходятся на том, что Кузьмак — народная форма канонического Космы. Альтернативная версия, будто фамилия могла произойти от прозвища Кузьмак (например, по названию ремесла или внешности), несостоятельна: такое прозвище в источниках не встречается, а связь с именем очевидна.