Фамилия Кузюткин образована от просторечной формы имени Кузьма — Кузютка. Каноническая форма имени — Косма — восходит к греческому слову «косма», которое означает «мир, порядок, мироздание» или «украшение». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а личное имя, данное при крещении. Потомок человека по имени Кузютка со временем получил фамилию Кузюткин.

Обратим внимание на суффикс -ин: он указывает на принадлежность к конкретному лицу. В русской ономастике фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где они вытесняли более южные формы на -ов. Кузюткин — характерный пример фамилии, построенной по модели «чей?»: буквально «сын Кузютки».

Сама форма Кузютка — результат народной переработки имени Кузьма, которая встречается в диалектах и просторечии. Подобные уменьшительные варианты (Кузя, Кузютка, Кузьмич) были распространены в крестьянской и мещанской среде, где полное имя использовали редко. Фамилия Кузюткин фиксируется преимущественно в Поволжье и на юге России, хотя точная география её бытования требует отдельного исследования.

В отличие от фамилий, образованных от названий профессий (Кузнецов, Плотников), Кузюткин не говорит о роде занятий предка. Он указывает только на имя родоначальника, что типично для огромного пласта русских фамилий. Спорных версий происхождения здесь нет: связь с Кузьмой и греческим корнем «космос» — единственная и бесспорная.