Фамилия Лабуновская — одна из тех, где ясна модель образования, но неочевидна исходная основа. Она образована по типичной для шляхты и духовенства модели с суффиксом -ск-, указывающим на принадлежность к месту или роду. В основе лежит топоним Лабуново или Лабуновка. Таких названий в России и Беларуси немного, но они встречаются, например, в бывшей Витебской губернии. Человек, получивший фамилию Лабуновский, был либо владельцем такого имения, либо его уроженцем, либо получил фамилию по названию деревни при поступлении в семинарию.

Куда сложнее с корнем «лабун». Самый вероятный источник — диалектное слово «лабуда» или «лабутье», означавшее нечто путаное, вздорное или плохую еду (ср. «лабуда» в значении «чепуха»). В белорусских и западнорусских говорах «лабуном» могли прозвать болтуна, пустомелю или неряшливого человека. Однако прозвище Лабун могло иметь и вполне конкретное ремесленное значение: в некоторых областях «лабуном» называли того, кто занимался размолом зерна или работал на крупорушке, — слово родственно «лабаз» (мучной амбар).

Суффикс -овск- указывает на то, что фамилия складывалась в несколько этапов. Сначала возникло прозвище Лабун или топоним Лабуново, затем от него образовали притяжательное прилагательное Лабуновский («сын Лабуна» или «из Лабунова»), а уже в женском роде закрепилась форма Лабуновская. В среде польской шляхты такая фамилия могла означать принадлежность к гербу, но для большинства носителей — это просто указание на место жительства предка.

Встречается фамилия редко, преимущественно в западных областях России, Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибирь. Её написание устойчиво, вариантов вроде Лабуновский (мужская форма) или Лабуньская почти не фиксируется, что говорит о поздней кодификации фамилии, уже после отмены крепостного права, когда фамилии записывали чиновники по единому образцу.