Фамилия Лабыгины (в мужском роде — Лабыгин) образована от личного прозвища Лабыга по стандартной для русского языка модели: к основе прозвища добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Лабыги» или «человек из рода Лабыги». Это одна из самых распространённых словообразовательных схем в русских фамилиях, особенно в северных и центральных регионах.

Происхождение самого прозвища Лабыга неочевидно, и исследователи предлагают как минимум две версии.

Первая связывает прозвище с диалектным словом «лаба» — так в некоторых говорах называли закваску для створаживания молока. В этом случае Лабыгой могли прозвать человека, который занимался изготовлением сыров или творога, либо просто любителя молочных продуктов. Прозвища по роду занятий — один из древнейших пластов русских фамилий, поэтому эта версия выглядит вполне правдоподобной.

Вторая версия предполагает, что Лабыга — это фонетический (звуковой) вариант прозвища Лобыга. В русских говорах звуки «а» и «о» в безударной позиции могли смешиваться, что и породило такую форму. Слово «лоб» здесь выступает основой: Лобыгой (а значит, и Лабыгой) называли человека с большим или высоким лбом, а в переносном смысле — крупного, крепкого, возможно, даже упрямого человека. Эта версия также имеет право на существование, так как прозвища по внешним признакам были не менее популярны, чем по профессии.

Обе гипотезы не противоречат друг другу: в разных регионах прозвище могло возникнуть независимо от разных основ. Сложность в том, что письменных источников, которые бы однозначно указали на конкретный случай, сохранилось мало. Фамилия Лабыгин (Лабыгины) встречается в основном в документах по Вятской и соседним с ней губерниям, что косвенно указывает на севернорусское или северо-восточное происхождение — именно там диалектная лексика и фонетические особенности (вроде «оканья» или его отсутствия) могли дать жизнь такому прозвищу.

Несмотря на то, что точное место и время возникновения фамилии сейчас установить трудно, её словообразовательная структура и корни надёжно указывают на среду бытования: это прозвище, закрепившееся за родом, а не искусственная фамилия, данная в семинарии или приписанная по указу.