Фамилия Лачугина образована от прозвища Лачуга. В его основе — нарицательное слово «лачуга», то есть небольшая, ветхая или плохо построенная изба, хижина. Такое прозвище могли дать сторожу, который жил в лачуге, или человеку, внешность или образ жизни которого напоминали это убогое жильё: старому, больному, бедному, неопрятному. Потомок человека с прозвищем Лачуга со временем получил фамилию Лачугин, а в женском роде — Лачугина.

Фамилия входит в круг русских фамилий, образованных от названий бытовых построек или их частей: Банин (от «баня»), Заборов (от «забор»), Калитин (от «калитка»), Клеткин (от «клеть»), Комнатов (от «комната»). Однако Лачугина стоит в этом ряду особняком: если большинство таких фамилий нейтральны или даже указывают на владение постройкой, то прозвище Лачуга несло явную уничижительную окраску. Это не столько указание на место жительства, сколько социальная или бытовая характеристика человека — бедняка, неудачника, бобыля.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Лачугин сын, Лачугина дочь). Встречается и вариант Лачугин, а также родственные фамилии Лачужкин, Лачугов. В документах XVII–XVIII веков прозвище Лачуга фиксируется в новгородских и вологодских землях, где лачугами называли не только бедные избы, но и временные охотничьи или рыбацкие шалаши.

Сейчас фамилия Лачугина встречается нечасто, преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это редкий случай, когда фамилия буквально «говорит» о низком достатке предка, и в этом её историческая достоверность: прозвище не приукрашивало, а называло вещи своими именами.