Фамилия Лачугин образована от прозвища Лачуга, а оно, в свою очередь, — от нарицательного слова «лачуга», то есть небольшая, ветхая изба или хижина. Такие прозвища по названиям жилых и хозяйственных построек — распространённый приём в русской ономастике. В одном ряду с Лачугиным стоят фамилии Банин (от «баня»), Клеткин (от «клеть»), Заборов или Комнатов.

Прозвище Лачуга могли дать не только тому, кто жил в плохом жилье. Его могли получить сторож или пастух, чьим постоянным местом ночлега была лачуга, либо бедный крестьянин, не имевший возможности построить нормальную избу. Однако не стоит исключать и переносный смысл: в говорах «лачугой» могли назвать старого, больного или неопрятного человека — по ассоциации с разваливающейся постройкой. Какая из этих версий верна для конкретного предка, сказать трудно, но обе укладываются в логику народных прозвищ.

Фамилия образована по типичной модели: основа «Лачуг-» плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Лачуги»). В русской антропонимии суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, которые идут после твёрдых согласных. Поэтому Лачугин, а не Лачугов.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не встречается. Её географическое распространение не изучено, но, судя по корню, она могла возникнуть в северных и центральных губерниях России, где слово «лачуга» было в ходу. В словарях фамилия не фиксируется, что указывает на её позднее оформление или локальный характер.