Фамилия Ладухина образована от мужского имени или прозвища Ладуха. В основе этой формы лежит корень «лад», который в древнерусском языке означал «мир, согласие, любовь, порядок». Скорее всего, Ладухой называли человека уживчивого, дружелюбного или того, кто налаживал отношения в семье и общине. Некоторые исследователи связывают имя Ладуха с именем славянской богини Лады — покровительницы брака и домашнего лада, что подтверждает смысловую связь прозвища со счастливой и гармоничной жизнью.

По модели образования фамилия относится к самому распространённому в русской ономастике типу — патронимическому. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ладухин, то есть сын или потомок Ладухи. Женская форма Ладухина исторически означала «жена Ладухина», но в современном употреблении закрепилась как фамилия по отцу.

Самая известная фигура с этой фамилией — Николай Михайлович Ладухин (1860–1918), русский музыкальный теоретик и композитор. Он вошёл в историю не столько как автор симфонических вариаций и музыкальной картины «В сумерках», сколько как создатель учебников сольфеджио. Его сборники для одного — четырёх голосов до сих пор используются в музыкальных училищах и консерваториях, что делает фамилию Ладухина знакомой каждому профессиональному музыканту в России.

В отличие от многих фамилий на -ин, которые образованы от церковных имён (Иван — Иванов — Иванихин), Ладухина происходит от мирского, неканонического имени. Это указывает на то, что предки носителя фамилии жили в среде, где старые славянские имена сохранялись дольше, — возможно, в северных или центральных регионах России. Географически фамилия нечастотная, встречается очагами, что говорит о локальном происхождении прозвища.