Фамилия Лагуна звучит экзотично для русского уха, и это первая подсказка. В подавляющем большинстве случаев её корни — не славянские, а романские, и связаны они с географическим термином. В итальянском, испанском и португальском языках «laguna» означает «лагуна», «озеро» или «залив». Фамилию могли дать человеку, жившему у такого водоёма, или переселенцу, чьё прозвище указывало на место рождения — например, выходцу из итальянской области Венето, где расположена Венецианская лагуна.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. В русской среде фамилия могла возникнуть искусственно — в семинарской среде. Будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от латинских или греческих слов. «Лагуна» (лат. lacuna — «углубление», «впадина», «пропуск») могла стать такой же «кабинетной» фамилией, как Розов или Милославский, без прямой связи с реальным местом жительства. Этот вариант правдоподобен для духовенства XVIII–XIX веков, особенно если носители фамилии встречаются в центральных губерниях, далёких от южных морей.

Словообразовательная модель проста: фамилия не имеет типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Она представляет собой чистую основу, что характерно для фамилий неславянского происхождения, которые не адаптировали под местную грамматику. Встречаются варианты с ударением на первый и второй слог, что говорит о разной языковой среде: итальянское ударение падает на «у», испанское — на второй слог. В России чаще произносят «Лагу́на», следуя привычной модели заимствованных слов.

География фамилии в России — южные регионы (Краснодарский край, Ростовская область, Крым), что подтверждает связь с приморскими территориями и возможным греческим или итальянским влиянием. Встречается она и на Украине, особенно в Одесской области. При этом фамилия остаётся сравнительно редкой — её носителей в России не более нескольких тысяч человек, что делает её заметной на фоне массовых фамилий.