Фамилия Лагуненкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Лагуненков. Это редкий случай, когда суффикс -енков указывает на нечто иное, чем привычное отчество от крестильного имени. Здесь корень не в имени, а в прозвище или мирском имени Лагун, Лагунок.

Слово «лагун» в русских говорах означало бочонок, кадку, посудину для хранения жидкости. В переносном смысле так могли прозвать плотного, полного человека, похожего на бочонок, либо того, кто делал или продавал лагуны — бондаря, торговца деревянной посудой. Встречается и другое значение — «лагуном» в некоторых областях называли ленивого, неповоротливого человека, но эта версия менее вероятна: прозвища по ремеслу или внешности встречаются чаще.

Суффикс -енков характерен для южнорусских и украинских земель, особенно для Курской, Орловской, Воронежской губерний. В отличие от северного -ов/-ев, -енков образовывал фамилии по модели «чей?»: Лагуненков — сын Лагунка, то есть потомок человека с прозвищем Лагунок. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Лагу́ненкова, хотя в разных семьях могло закрепиться и на третьем.

В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается нечасто — она не из числа массовых, что говорит о её локальном происхождении. Носители Лагуненковых, вероятно, были крестьянами или ремесленниками из центрально-чернозёмных губерний. По переписям XIX века основная масса людей с такой фамилией жила в Курской губернии, что подтверждает южнорусский след.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лагунов, Лагунцов, Лагуткин — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, указывающими на регион: -ов типичен для севера и центра, -цов — для запада, -енков — для юга. Лагуненкова стоит в ряду тех фамилий, которые прямо говорят о занятии или внешности предка, не оставляя места для гаданий на церковных именах.