Фамилия Лагунковы — один из тех родовых именований, которые сохранили в своей основе забытое ремесло или редкую географическую деталь. Вопреки распространённому мнению, её корень не связан с «лагуной» в современном понимании. Слово «лагун» (или «лагунок») в старых говорах означало небольшую бочку, кадь — ёмкость для хранения мёда, пива или воды. Владимир Даль в своём словаре прямо указывает на такое значение, и именно от него, скорее всего, образовано прозвище родоначальника.

Первая и наиболее вероятная версия — профессиональная. Лагунком на Руси могли прозвать бондаря, то есть мастера, который делал бочки, лагуны и другую деревянную посуду. Ремесло было востребованным: в каждом хозяйстве нужна была тара для запасов, а в торговых сёлах и городах бондари не знали отбоя от заказов. Прозвище закрепилось за мастером, а затем перешло к его детям как фамилия Лагунковы.

Вторая версия — топонимическая, но менее убедительная. Слово «лагуна» (от итал. laguna — озеро, залив) пришло в русский язык поздно и было книжным, не из народной речи. Маловероятно, что крестьянин или ремесленник в центральной России получил бы прозвище по «лагуне». Однако на южных территориях, у Чёрного или Азовского морей, такое прозвище могло возникнуть у человека, жившего у лимана или мелкого залива. Но основа «лагун» (бочка) всё же встречается в диалектах гораздо шире.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Лагунок добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Лагунка». Форма Лагунковы указывает на семейную принадлежность, то есть на целый род потомков того самого бондаря или жителя у воды. Стоит заметить, что суффикс -ок в основе (Лагунок) — уменьшительный, но в прозвищах он часто не столько уменьшал, сколько закреплял бытовое, обиходное именование человека.

Встречаются и однокоренные фамилии — Лагунов, Лагуненко, Лагун. Все они идут от того же корня, но различаются по суффиксам и регионам: Лагунковы — типичный пример северных и центральных областей России, где -ов- суффикс был основным способом образования фамилий. Точное место, где впервые зафиксирована эта фамилия, назвать сложно: переписей бондарей не сохранилось. Но можно уверенно сказать, что предки Лагунковых занимались конкретным и полезным делом — делали бочки, без которых не обходилось ни одно хозяйство.