Фамилия Лагункина — это женская форма фамилии Лагункин, которая образована по простой и распространенной модели: к основе прозвища или имени Лагунок добавили суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Лагункин буквально значит «сын Лагунка», «маленького Лагуна». Это типичная «патронимическая» (по отцу) фамилия, каких в России большинство.

Ключ к происхождению — слово «лагун». В диалектах русского языка лагуном называли небольшую деревянную кадку, бочонок для хранения воды или вина. Такая тара была в каждом крестьянском хозяйстве, у рыбаков, у бондарей. Прозвище Лагун могли дать полному, круглому человеку (по сходству с бочонком), либо бондарю, делавшему эти кадки, либо тому, кто постоянно возился с лагунами — например, на винокурне или в кабаке. Уменьшительная форма Лагунок подчеркивает либо молодость, либо невысокий рост носителя прозвища.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с глаголом «лагать» (латать, чинить) или с диалектным «лагун» в значении «ленивый, неповоротливый человек». Однако связь с бочонком — самая прямая и наглядная.

Фамилия Лагункин встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях, а также на Дону. Это неудивительно: в этих местах слово «лагун» было в ходу у казаков и крестьян. Среди носителей фамилии много людей из крестьянского и мещанского сословий — фамилия недворянская, образовалась в среде, где людей называли по бытовым прозвищам.

Таким образом, предок современных Лагункиных с большой долей вероятности был либо бондарем, либо человеком с заметной внешностью, напоминавшей лагун, либо просто имел отношение к хранению жидкостей в деревянной таре. Фамилия сохранила в себе слово, которое сегодня почти вышло из обихода, но в XIX веке было вполне обыденным.