Фамилия Лапшенков происходит от прозвища Лапша. В народе так могли назвать не только любителя этого блюда, но и человека, который его готовил или продавал, — прозвище относится к «профессиональным» именованиям. Слово «лапша» В. И. Даль связывал с глаголом «лаптать» (хлебать), а в переносном смысле прозвище могло указывать на медлительность или нерасторопность.

Древность корня подтверждают записи: у С. Б. Веселовского встречаем Лапшу Дмитрия, посадского человека из Новгорода (1623 год), а также крестьянина Дмитрия (Митю) Лапшина из Переяславля (1536 год). Лапшины Михил и Григорий Ивановичи упоминаются в Ярославле в 1568 году.

Фамилия образована по украинской модели: основа Лапша плюс уменьшительный суффикс -енк(о), что дало фамилию Лапшенко. Когда носители переселились в Россию, фамилию русифицировали, добавив типичный русский суффикс -ов. Так Лапшенко стал Лапшенковым — вариант, характерный для южных и центральных областей, где сталкивались украинская и русская ономастические традиции.

Среди известных носителей — Семён Васильевич Лапшенков (1913–1943), лётчик-бомбардировщик, Герой Советского Союза, командир эскадрильи 29-го бомбардировочного авиационного полка ВВС Северного флота. Его биография — редкое документальное свидетельство того, что фамилия бытовала в советской военной среде.