Фамилия Лапуга звучит редко и сразу привлекает внимание своей нестандартной формой. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что указывает на её относительно позднее происхождение и, скорее всего, украинские или белорусские корни. В этих языках суффикс -уга (-юга) придаёт слову экспрессивный, часто пренебрежительный или увеличительный оттенок, как в словах «бандюга» или «ветрюга». Таким образом, Лапуга — это не столько фамилия, сколько прозвище, которое закрепилось за человеком.

Основу фамилии, скорее всего, составляет слово «лапа». Прозвище Лапа на Руси давали человеку с большими или необычными руками, либо тому, кто был неуклюж, «лапист» в движениях. В украинском языке есть и глагол «лапати» — хватать, трогать, так что прозвище могло относиться к назойливому или слишком «рукастому» человеку. Суффикс -уга усиливает эту характеристику: Лапуга — это «большая лапа» или «хватающий, как лапой».

Менее вероятная, но всё же возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «лапуга» в значении «лоскут», «тряпка» или «нечто свисающее». В этом случае прозвище могло относиться к неопрятному человеку или тому, кто носил рваную одежду. Однако первая версия — от «лапы» — выглядит убедительнее, так как прозвища по внешним признакам были одними из самых распространённых.

Фамилия Лапуга практически не встречается в центральных русских областях, её ареал — юго-запад: Украина, Беларусь, а также южные регионы России, куда переселялись выходцы из Малороссии. Встречаются и варианты написания — Лопуга (от «лопух»), но это уже отдельная фамилия. Носители фамилии Лапуга, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища были основной формой именования до введения обязательных фамилий.