Фамилия Лапута звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, её корни уходят не в великорусские земли, а в украинское или белорусское языковое пространство. Основа фамилии — слово «лапа», но не в значении конечности животного, а в переносном, прозвищном смысле. На юго-западе бытовало слово «лапута» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного или нерасторопного человека. Другое, менее известное значение — «лапута» могло быть синонимом «лаптя», грубой плетёной обуви. Соответственно, прозвище могли дать и тому, кто плёл лапти, и тому, кто ходил в них, то есть крестьянину-бедняку.

Суффикс -а в фамилии Лапута — типичный для украинских и белорусских прозвищных фамилий, которые не обрастали стандартными русскими суффиксами -ов или -ин. Фамилия застыла в форме чистого прозвища, без дополнительных патронимических приращений. В русских переписях XVII–XVIII веков такая модель встречается реже, чем на территории Речи Посполитой, что указывает на западнорусское происхождение рода.

Встречается и версия, связывающая фамилию с польским словом «łaputa» — так называли нечто несерьёзное, пустяк, а также человека-верхогляда. Однако это значение менее употребительно и могло закрепиться скорее в шляхетской среде, где прозвища давались с иронией. Для основной массы носителей фамилии, которые были крестьянами или мещанами, куда правдоподобнее первая, «лапотная» версия.

Географически фамилия Лапута чаще всего встречается в западных областях России, а также в Беларуси и на востоке Украины. Встречаются варианты написания с одной «п» — Лапута, что только подтверждает её прозвищную природу. Сравните с однокоренными фамилиями Лаптев, Лапотников, Лапушкин — все они идут от одного корня «лап-», но Лапута выделяется своей бессуффиксной формой, словно прозвище так и осталось в документах без изменений.