Фамилия Лапутин в своей основе имеет прозвище Лапутя. Первая и наиболее прямая версия связывает его со старобелорусским словом «лапутя», которое означало «неповоротливый человек». В этом случае прозвище давали по особенностям характера: неловкому, неуклюжему или медлительному предку.

Существует и другая, не менее логичная гипотеза. Она отталкивается от слова «лапти» — низкой обуви, которую в старину плели из лыка или бересты. Лапти были повсеместно распространены в сельской местности вплоть до 1930-х годов. Если следовать этой версии, прозвище Лапутя относилось к разряду профессиональных именований: предок мог заниматься плетением лаптей. Такое ремесло было распространённым и востребованным, поэтому прозвище легко могло закрепиться за мастером и его семьёй.

Обе версии имеют право на существование, но профессиональная (от слова «лапти») выглядит чуть более конкретной. Слово «лапутя» в значении «неповоротливый» встречается реже и могло быть местным диалектным вариантом.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Лапутин, то есть сын или потомок Лапути. Так прозвище, данное одному человеку, закрепилось за его родом и превратилось в фамилию.