Фамилия Лапутин образована от прозвища Лапутя. Оно ведет свое начало от аналогичного старобелорусского нарицательного со значением «неповоротливый человек». Вероятно, прозвище содержало указание на особенности характера и поведение основателя фамилии (неловкий, неуклюжий, медлительный). Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило слово «лапти» — это «низкая обувь, распространённая на Руси в старину, но тем не менее бывшая в широком употреблении в сельской местности до 1930-х, сплетённая из древесного лыка (липовые, вязовые и другие) или бересты». В этом случае прозвище Лапутя относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность предка: он мог заниматься плетением лаптей. Так и прозвище Лапутя закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Лапутин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лапутя, со временем получил фамилию Лапутин.