Фамилия Лариин встречается крайне редко, и её написание с двумя «и» подряд — главная загадка для того, кто пытается понять её происхождение. В русской ономастике такой суффикс нестандартен: обычно притяжательные фамилии образуются с помощью -ин (Ларин, от Ларя) или -ов/-ев (Ларев, Ларионов). Удвоение «и» здесь, скорее всего, результат исторической путаницы или особенностей записи в документах.

Самая вероятная версия — что перед нами искажённая форма фамилии Ларионов. В народной речи имя Иларион (церковное, от греческого «весёлый») часто сокращали до Ларя, Ларион. От полной формы Ларион образовывали фамилию Ларионов, а от разговорной — Лариин. Но в какой-то момент, при переписи или в метрической книге, писарь мог механически добавить лишнюю «и», получив Лариин, или же носитель сам стал так подписываться, желая подчеркнуть связь именно с полным именем Ларион, а не с прозвищем Ларя.

Вторая гипотеза, менее правдоподобная, но возможная, — искусственное происхождение. В XIX веке, особенно в среде духовенства, фамилии нередко придумывали на основе церковных календарей, придавая им «учёное» звучание. Лариин могло возникнуть как семинарская фамилия от греческой основы «ларос» (сладкий, приятный), хотя это уже чисто книжная этимология, не связанная с бытовым прозвищем.

Географически фамилия Лариин тяготеет к центральным и северным регионам России, где была сильна традиция церковного именослова. Она никогда не была массовой и сегодня остаётся штучной, что делает её носителей обладателями редкого патронимического следа. По социальному составу предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по имени отца, а двойное «и» — случайная, но закрепившаяся опечатка в истории рода.