Фамилия Латуненко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в Украине, он указывал на происхождение по отцу: «сын такого-то» или «маленький, младший». В XVII–XVIII веках такие фамилии закрепились в казацкой среде и среди крестьянства, а позже распространились по всей Украине и югу России.

Основа фамилии — Латун. В ономастике здесь возможны два пути, и оба ведут к прозвищу. Первый: «латунь» — это сплав меди с цинком, жёлтый металл, похожий на золото. Прозвище Латунь могли дать человеку с рыжими или жёлтыми волосами, либо тому, кто работал с этим металлом — меднику, литейщику, мастеру по изготовлению посуды или украшений. Второй вариант: Латун — это искажённое или диалектное имя Латун (от греческого Латоний или народного Латуня), которое могло быть уменьшительной формой от канонического имени Лазарь или Лаврентий. В украинской традиции такие усечения были обычны: Латун как прозвище, а затем и фамилия.

Редкость фамилии в том, что она не перегружена географией. В отличие от массовых Коваленко или Шевченко, Латуненко встречается точечно: в основном на Полтавщине, Черниговщине и в смежных областях. Это намекает на локальное происхождение — прозвище могло закрепиться в одном селе или роде, а не быть общенациональным. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были казаками или крестьянами: фамилии на -енко редко встречались у дворянства, которое предпочитало польские модели на -ский.

Интересная деталь: фамилия Латуненко могла иметь и вариант Латуненко с ударением на второй слог (Лату́ненко), что для украинского языка более характерно, но в русской среде часто смещается на третий. В документах XIX века можно встретить написание через «а» — Латоненко (влияние аканья), но корневая «у» сохраняется устойчиво. Если сравнивать с однокоренными, то Латуненко — более молодая форма, чем, например, Латун (без суффикса) или Латунов (с русским суффиксом). Именно суффикс -енко выдаёт украинское происхождение и говорит о том, что фамилия оформилась не раньше XVI–XVII веков, когда эта модель стала доминирующей.

Коротко: фамилия Латуненко означает «сын Латуна», где Латун — либо прозвище по цвету волос или ремеслу, либо сокращённое крестильное имя. Предки жили на территории современной Украины, скорее всего, были ремесленниками или казаками.