Фамилия Латунина принадлежит к числу тех, где ядро — не имя, а прозвище, и разгадка лежит на поверхности, хотя и с нюансом. Основа «латун-» прямо указывает на латунь — жёлтый сплав меди и цинка. В крестьянской и ремесленной среде прозвище Латуня могли дать по роду занятий: литейщику, меднику, лудильщику, торговцу металлическими изделиями. Латунь была ходовым материалом для самоваров, подсвечников, окладных икон и дешёвой посуды, поэтому мастер, работавший с ней, был на виду. Суффикс «-ин» в русской модели фамилий означает принадлежность: «сын Латуни». То есть Латунина — это буквально «дочь или вдова Латуни», а в застывшей форме — потомок человека с таким прозвищем.

Версия с происхождением от женского имени Латуня (гипотетической формы от Лариса или Платонида) менее вероятна. Такие имена в народном быту встречались, но прозвище по материалу — более естественный и частотный путь для фамилии, не привязанной к церковному календарю. Сравните с однокоренными: Латунов, Латункин, Латунщиков — все они отталкиваются от той же «латуни». Латунина стоит в этом ряду особняком из-за суффикса «-ин», который в русском языке чаще образует фамилии от основ на -а, -я. Это косвенно подтверждает, что исходное прозвище звучало именно как Латуня.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где были развиты кустарные промыслы по металлу, а также к Поволжью. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, образованных от конкретного ремесленного термина, а не от массового имени. Социально предки Латуниных, скорее всего, были из мещан или государственных крестьян, занимавшихся ремеслом, — не дворяне, но и не бесправные. В списках купцов и цеховых мастеров такая фамилия смотрелась бы органично.