Фамилия Лебетко, скорее всего, имеет украинское или белорусское происхождение. Её выдает характерный суффикс -ко, который в этих языках выполнял роль уменьшительно-ласкательного или указывал на принадлежность к роду. В основе фамилии лежит прозвище Лебет или Лебедь. Первая версия связывает её с глаголом «лебетать» — в южнорусских и украинских говорах это означало «болтать», «говорить невнятно» или «лепетать». Прозвище Лебет могли дать человеку неразговорчивому, или, наоборот, тому, кто много и бестолково говорил.

Вторая версия — от слова «лебедь». В этом случае фамилия могла образоваться от имени Лебедь или прозвища по внешнему сходству (например, за длинную шею или белокурые волосы). В украинском языке «лебідь» — лебедь, и фамилия Лебетко могла быть формой, где корень адаптировался под местное произношение. Такое чередование «д/т» (Лебедь — Лебет) встречается в диалектах. Правдоподобнее, что основа всё же не птица, а глагол: слишком много в украинской ономастике фамилий от прозвищ, описывающих характер (Балакун, Говорун, Мовчун).

Географически фамилия Лебетко встречается в основном на западе Украины, в частности в Волынской и Ровенской областях, а также среди белорусов. В Россию она могла попасть с переселенцами из этих регионов. Сословно фамилия не была дворянской: её носителями чаще всего были крестьяне или казаки. Суффикс -ко в украинской традиции часто закреплялся за потомками, как указание на «сына такого-то»: Лебетко — сын Лебета.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, но склоняется по падежам у женщин (Лебетко, Лебетко, Лебетко). В украинской традиции она склоняется и у мужчин, и у женщин. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что говорит о её локальном бытовании.