Фамилия Лебеденко — типичный представитель украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась в среде казачества и крестьянства Левобережной и Слободской Украины. Суффикс -енко в ту пору означал «сын» или «потомок», так что Лебеденко — это буквально «сын Лебедя». Исходным здесь было не имя в паспортном смысле, а прозвище или мирское имя Лебедь.

Такие «птичьи» прозвища у славян были не случайны. Человек по законам природы сам ощущал себя её частью, и, называя ребёнка Лебедем, родители как бы вверяли его природе, надеясь, что та передаст ему качества этой птицы: стать, верность, чистоту. Лебедь в фольклоре — не просто птица, а символ благородства и красоты, часто связанный с девичьей долей или княжеским родом.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Лебедев), форма на -енко чётко указывает на украинское происхождение рода. В документах XVIII–XIX веков Лебеденко встречаются в основном в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях — на землях бывшей Гетманщины. При этом в основе могло лежать и прозвище, данное за внешнее сходство с лебедем: за белокурые волосы, плавную походку или высокий рост.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от географического названия вроде Лебедин или Лебедянка, где суффикс -енко указывал бы на выходца из этого места. Однако для фамилии Лебеденко основным остаётся патронимическое значение: от прозвища Лебедь, через форму «чей сын?» — Лебеденко.