Фамилия Ленгин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество, а на этническое или географическое прозвище. В основе лежит слово «ленг» — искажённое или диалектное название народа ленг, одного из племён в составе средневековых финно-угров, либо прозвище человека, говорившего с акцентом или носившего необычную одежду. В русских говорах «ленг» также могло означать «ленивый» или «медлительный» (от диалектного «ленгаться» — медлить), но это менее вероятно: суффикс -ин чаще образует фамилии от прозвищ на -а/-я, а не от кратких прилагательных.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия происходит от древнего прозвища Ленга, которое давали человеку, имевшему отношение к финно-угорским народам ленг, упоминающимся в летописях как часть «чуди» или «веси». В XVI–XVII веках в северных уездах (Вологда, Архангельск) встречались дворы с прозвищами Ленга и Ленгин, что подтверждает севернорусское происхождение фамилии. В этом случае Ленгин — буквально «сын Ленги», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Встречается и вариант написания с двумя «н» — Ленгинн, но это, скорее всего, поздняя описка при переписи населения. Географически фамилия сосредоточена в Вологодской и Кировской областях, а также в Пермском крае — регионах, где исторически смешивались русские и финно-угорские группы. В других частях России Ленгины — единичные семьи, часто потомки переселенцев с Севера.

Однокоренных фамилий почти нет: Ленгов, Ленгинский — встречаются редко и могут быть искусственными (семинарскими). Это делает Ленгина не просто редкой, а локальной фамилией с чёткой привязкой к северным территориям, где прозвища по этническому признаку были обычным делом.