Фамилия Лепахин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается украинская основа. Вопреки возможному желанию связать её с лепкой или глиной, корень здесь другой. Прозвище Лепаха, от которого образована фамилия, восходит к украинскому слову «леп» — так в некоторых говорах называли грязь, липкую землю или даже земляной воск (озокерит). Поэтому Лепахой в первую очередь могли прозвать неопрятного, нечистоплотного человека, который постоянно ходил в грязи. Вторая, не менее вероятная версия, — профессиональная: так могли называть того, кто по роду занятий постоянно пачкался, выполнял «грязную» работу: землекопа, гончара, печника или человека, имеющего дело с болотной рудой.

Модель образования фамилии проста и типична для южнорусских и украинских территорий: основа Лепах- плюс русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лепахи). Такое смешение украинского прозвища с русским суффиксом часто встречается в фамилиях, которые закрепились в пограничных регионах — например, в бывших Слобожанщине или Новороссии, где пересекались украинские и русские диалекты.

Стоит отметить, что фамилия Лепахин довольно редкая. Она не встречается в центральных великорусских областях, зато фиксируется в документах по Курской, Воронежской и Ростовской областям, а также на Кубани. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что подтверждает её локальный, диалектный характер. В отличие от фамилий Лепёхин или Лепехин, которые могут быть связаны с диалектным «лепёха» (лепёшка), вариант Лепахин чётко привязан к значению «грязь» и не имеет «хлебной» альтернативы.