Фамилия Лепегина — женская форма, а её мужской вариант Лепегин. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на согласный или «а» прибавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лепеги). Значит, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Лепега.

Что такое «лепега»? Здесь возможны два основных толкования, и оба уходят корнями в диалектную лексику. Первое и самое вероятное: в северных и сибирских говорах «лепега» — это лепёшка, а также всё, что сплюснуто и приплюснуто. Прозвище Лепега могли дать человеку приземистому, широкоплечему, коренастому — «как лепёшка». Второе значение, зафиксированное в словаре Даля, — «неуклюжий, неловкий человек», а также «лентяй, лежебока». В этом случае прозвище носило бытовой, оценочный характер: так могли окрестить медлительного или нерасторопного парня.

Интересно, что фамилия Лепегин (и её женский вариант) не встречается повсеместно, а имеет заметную региональную привязку. По данным современных ономастических исследований, она характерна для Вологодской, Архангельской и Кировской областей. Это как раз зона бытования севернорусских говоров, где слово «лепега» в значении «лепёшка» было обыденным. Кроме того, в писцовых книгах XVI–XVII веков по Русскому Северу нередко встречаются крестьяне с прозвищем Лепега — например, в Вологодском уезде. Таким образом, предки современных Лепегиных, скорее всего, были не дворянами, а свободными крестьянами или посадскими людьми, жившими в Поморье или Заволочье.

Менее правдоподобна, но возможна версия, что в основе лежит украинское или белорусское слово «лепега» — «вид растения» или «липкий сок». Однако фамилия с суффиксом -ин, а не -енко или -ук, выдаёт её русское происхождение, так что связь с растительным миром маловероятна. В любом случае, корень «леп-» (от «лепить», «липнуть») прослеживается чётко, и фамилия Лепегина — это семейное прозвание, которое когда-то дали по внешности или характеру родоначальника.