Фамилия Лесунина — женская форма фамилии Лесунин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — Лесунин, то есть сын или потомок Лесуни. В данном случае суффикс -ин присоединён к основе «Лесуня», которая сама по себе не является полным именем, а скорее прозвищем или уменьшительно-ласкательной формой.

Корень «лес» сразу подсказывает связь с лесом. В славянской среде прозвища, образованные от названий местности или занятий, были обычным делом. Лесуней могли назвать человека, который жил в лесу, работал лесником, занимался охотой или бортничеством. Однако не стоит исключать и вариант, что Лесуня — это производное от крестильного имени, например, от Алексей (в народных формах Лексей, Алексуня) или от Леонтий (Лёня, Лёша). В просторечии окончание -уня нередко добавляли к именам для ласкового обращения: Сашуня, Ванюня, Танюня. Если в основе лежало имя, то фамилия указывала на потомка человека, которого в быту звали Лесуня.

Географически фамилия Лесунин (и, соответственно, Лесунина) встречается в центральных и северных областях России — там, где лес был главным ресурсом и фоном жизни. В Новгородской, Вологодской, Архангельской губерниях такие прозвища были особенно естественны. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское или духовное происхождение, фамилии на -ин в массе своей были крестьянскими и мещанскими.

Интересная деталь: фамилия Лесунина не имеет параллелей с «лесун» в значении «леший» (дух леса), хотя такое сходство напрашивается. Слово «лесун» в значении «леший» фиксируется в диалектах, но прозвище Лесуня, скорее всего, не связано с нечистой силой — русская ономастика редко даёт людям прозвища от названий злых духов напрямую. Обычно за этим стоит либо шутливое сравнение («живёт как леший»), либо, что вероятнее, просто «лесной человек» — лесник или житель леса.

Таким образом, Лесунина — фамилия с прозрачным корнем, но неоднозначной историей. Носительница этой фамилии может с равной вероятностью происходить от крестьянина, сторожившего лес, или от человека, которого в семье ласково называли уменьшительным именем.