Фамилия Либерис — редкий случай, когда мы почти наверняка можем сказать: перед нами не славянская, а балтийская или немецкая фамилия, переделанная на русский лад. Скорее всего, её основа — латинское слово liber (свободный). В Средние века и позже в Прибалтике, Пруссии и Польше так могли называть свободного крестьянина, не попавшего в крепостную зависимость, или вольноотпущенника. В немецком языке фамилия Liberis или Lieberis встречается как вариант фамилии Liebermann (буквально «свободный человек»), а в литовском и латышском — как прямая калька с тем же значением.

Форма Либерис с окончанием на -ис — характерный признак литовских или латышских фамилий, которые в XIX веке при переписях и переходе в православие нередко русифицировали, но оставляли узнаваемое окончание. В Российской империи носители такой фамилии могли быть выходцами из Курляндской, Ковенской или Виленской губерний. Встречается и польский вариант — Liberys, с тем же корнем, но с иной орфографией.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище от латинского liber в значении «книга» — так могли назвать грамотея, писаря или учителя. Однако в славянской среде такие прозвища встречались редко и обычно оставались в стенах семинарий (ср. фамилии Книжник, Книгин), а не в крестьянской среде. Поэтому основная гипотеза — социальное прозвище свободного человека, закрепившееся в Прибалтике.

Суффикса -ов или -ин в фамилии нет, что тоже указывает на её неславянское происхождение. На русской почве она могла склоняться по мужскому роду как Либерис, Либериса, а в женском — оставаться неизменяемой. Встречается крайне редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: почти все носители в России и Беларуси, вероятно, потомки одной или нескольких семей, переселившихся с запада в XIX—XX веках.