Фамилия Либис — редкая для русской ономастики, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В русском языке нет ни основы «либ-», ни суффикса «-ис», который образовывал бы фамилии от прозвищ или ремёсел. Поэтому главная версия — еврейское (ашкеназское) происхождение.

Скорее всего, фамилия Либис — это вариант написания от идишского имени Лейб (ליב, «лев») с добавлением славянского или немецкого суффикса. В еврейской традиции имя Лейб было популярным «защитным» именем, которое давали мальчикам, символизируя силу. Суффикс «-ис» (или «-ес») мог появиться при переходе фамилии в русскую документацию: он характерен для фамилий, образованных от имён с окончанием на согласный (ср. Лейб → Лейбис, Бер → Берис). Со временем безударное «е» могло перейти в «и» — так и возникла форма Либис. По другой, менее вероятной версии, это мог быть вариант фамилии Либес (от «либе» — любовь на идише), но тогда ожидалось бы ударение на последний слог.

В Российской империи фамилия Либис встречалась в черте оседлости — прежде всего в западных губерниях (Волынской, Киевской, Подольской), где жили еврейские общины. Носители этой фамилии чаще всего были мещанами или ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно не аристократическая, а народная, «местечковая» фамилия.

С точки зрения словообразования, Либис — типичный пример фамилии, которая закрепилась в русском языке через канцелярскую запись еврейского имени с патронимическим суффиксом. Похожий путь прошли фамилии Бердис, Мендис, Герцис. Если искать параллели в славянских языках, то там корень «либ-» встречается только в заимствованиях (например, либерал), поэтому версия о славянском происхождении практически исключена.

Сегодня фамилия Либис остаётся редкой. В современной России её можно встретить единично, чаще — у потомков еврейских эмигрантов в Израиле, США или Германии.