Фамилия Лифатова образована от мужского прозвища Лифат, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. Слово «лифат» или близкие к нему звучания в ряде тюркских языков могли означать «выгода», «польза», «прибыль». Прозвище могли дать удачливому торговцу, предприимчивому человеку, умеющему извлечь выгоду из любого дела, или же просто человеку, которого считали полезным в хозяйстве.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: к основе Лифат добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лифата). Женская форма Лифатова закрепилась как фамилия за потомками этого человека.

Интересно, что в русском языке есть и другие фамилии, восходящие к тюркским прозвищам, построенные по той же модели. Например, Тургенев — от прозвища Турген («быстрый, скорый»), Аксаков — от Аксак («хромой»), Булгаков — от Булгак («беспокойный»). Фамилия Лифатова стоит в этом же ряду, напоминая о многовековом взаимодействии славянских и тюркских культур.

Поскольку прозвище Лифат не было широко распространено, фамилия встречается нечасто. Ареал её бытования, вероятно, связан с регионами, где исторически было активно тюркское влияние: Поволжье, Приуралье, южные области России. Встречается также вариант написания с одной «ф» — Лифатов, что может быть следствием упрощения в устной речи или ошибки в документах.