Фамилия Ликинский в своей основе почти наверняка имеет топонимическое происхождение — её дали человеку по названию места, откуда он был родом. Это типичная «княжеская» или «дворянская» модель на -ский, которая в XVI–XVII веках широко распространилась среди духовенства и мещан, но первоначально указывала на владение или проживание в населённом пункте с корнем Лик-.

Таких пунктов в России и на землях бывшей Речи Посполитой несколько. Самые вероятные претенденты — село Ликино (например, в Московской губернии, ныне часть Орехово-Зуевского района) или деревня Ликино в бывшей Псковской губернии. Название этих сёл восходит либо к нецерковному имени Лика (уменьшительная форма от имён вроде Гликерия, Каллиник, или от славянского «лик» — лицо, образ), либо к прозвищу Лика — так могли называть человека с красивым, «ликим» лицом или, наоборот, с заметной внешностью.

Суффикс -ин- в основе (Ликин- + -ский) указывает на принадлежность: Ликинский — буквально «выходец из Ликина». Если бы фамилия была образована напрямую от прозвища Лика, она звучала бы как Ликин, без «-ский». Поэтому версия с географическим названием выглядит убедительнее.

Встречается и редкий вариант: фамилия могла возникнуть в среде духовенства — от названия храма или иконы. Например, в честь иконы «Лик Спаса Нерукотворного» или в честь святого с именем Ликий (ср. Ликийский — но здесь уже другой корень). Однако документальных подтверждений такой прямой семинарской традиции для фамилии Ликинский нет, это лишь гипотеза.

Социально фамилия не была закреплена за одним сословием. В XIX веке Ликинские встречались и среди купцов (в основном в центральных губерниях), и среди крестьян, и среди священников. В отличие от фамилий на -ов/-ев, -ский давал чуть более высокий статус в глазах окружающих, поэтому её могли присвоить при переписи и простому крестьянину, записанному по месту рождения.

По данным переписей, фамилия редкая, с заметной концентрацией в Московской и Владимирской областях — что косвенно подтверждает связь с подмосковным Ликино. Встречается также в Беларуси, куда могла попасть с переселенцами или через польскую форму Liński, адаптированную на русский лад.