Фамилия Лименко — характерный пример фамилии украинского происхождения с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на территории Поднепровья и Гетманщины. Суффикс -енко означал «чей-то сын», «потомок», «младший родственник», поэтому в основе почти всегда лежит личное имя, прозвище или название профессии отца.

Основа фамилии — Лименко — восходит к прозвищу Лимен. Здесь есть два основных пути. Первый: Лимен — это фонетический вариант слова «лиман» (от греческого «лимен» — гавань, бухта, залив). В украинских диалектах и в русских говорах юга России «лиман» — это широкое устье реки, залив, озеро в плавнях. Прозвище Лимен могли дать человеку, жившему у лимана, или рыбаку, промышлявшему в таких местах. Второй, менее вероятный, вариант: Лимен как производное от канонического имени Филимон (через просторечную форму Лиман). Но для фамилии, особенно с географической привязкой, версия с лиманом выглядит убедительнее.

Фамилия Лименко вписывается в круг фамилий, отражающих ландшафт и занятия южных славян. Её носители, скорее всего, происходят из степных или причерноморских регионов Украины — Херсонщины, Запорожья, Одесчины, где лиманы — часть повседневного пейзажа. Среди запорожских казаков, которые селились в плавнях и устьях рек, такие прозвища были естественны. В российском контексте фамилия встречается реже и обычно указывает на миграцию малороссийских крестьян или казаков в XVIII–XIX веках.

В отличие от более распространённых Лиманских или Лимановых, форма Лименко сохранила уменьшительно-патронимический оттенок: это не просто «живущий у лимана», а «сын того, кто у лимана». Такая модель типична для семейной идентичности в казацкой среде, где прозвище отца переходило к сыну с суффиксом -енко. Если искать однокоренные фамилии, то Лиман, Лиманов, Лиманенко — все они из одного гнезда, но Лименко — самая «казацкая» по форме.