Фамилия Линкене — редкий случай для русского ономастикона, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание «-ене» — не русское, а литовское. В литовском языке суффикс «-ėnė» (на письме часто передаётся как «-ене») образует женские фамилии от мужских основ. То есть Линкене — это женщина, а её муж или отец, скорее всего, носил фамилию Линкус, Линка или Линкявичюс. Такая модель типична для Литвы и северо-западных регионов бывшей Российской империи, где литовское и польское влияние смешивалось с русским.

Корень «Линк-» почти наверняка восходит к литовскому слову «linkti» — гнуться, наклоняться, или к «linkėti» — желать. В старых литовских прозвищах «Линка» могло означать согнутого, сутулого человека, либо, реже, того, кто постоянно кланялся или желал добра. Встречается и топонимическая версия: «Linka» — название нескольких хуторов в Литве, так что фамилия могла указывать на выходца из конкретного места.

В русских документах XIX века, особенно в метрических книгах Виленской, Ковенской и Сувалкской губерний, такие фамилии фиксировали «как слышали»: Линкене, Линкяне, иногда путали с польским написанием Linkienie. Социальный состав носителей — преимущественно крестьяне и мелкая шляхта, без выраженного дворянского статуса. Сословный разрыв здесь неглубокий: фамилия не перешла в высшие слои, а осталась в среде литовско-польского крестьянства и городских ремесленников.

Сравнение с однокоренными фамилиями Линкевич, Линкявичюс, Линкус показывает, что Линкене — женская форма, которая в русском контексте закрепилась как самостоятельная фамилия. Это редкий случай, когда пол носителя «зашит» прямо в окончании, что нехарактерно для русской системы. Сегодня Линкене встречается преимущественно у потомков литовских переселенцев в Калининградской области, Беларуси и, реже, в Сибири, куда ссылали участников восстаний 1863 года.