Фамилия Лисакова образована от мирского имени или прозвища Лисак. Чаще всего его связывают с названием животного — лисы. В древнерусской традиции такие имена давали не случайно: считалось, что, называя ребёнка Лисаком, родители переносят на него свойства зверя — хитрость, изворотливость, льстивость. Именно эти качества лисы закрепились в народном сознании, что подтверждается множеством пословиц: «Лиса и во сне кур у мужика в хлеве считает», «У лисы и во сне ушки — на макушке». Прозвище могло закрепиться за человеком, который проявлял эти черты в поведении.

Существует и другая версия, менее распространённая. В некоторых говорах слово «лисый» означало «лысый» или «жёлтый». Тогда прозвище Лисак могло указывать на внешность — например, на светлые, рыжеватые волосы или на отсутствие волос. Эта гипотеза правдоподобна для отдельных регионов, где диалектные формы расходились с литературным языком, но основная версия остаётся «звериной».

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ов указывает на принадлежность. Лисакова — буквально «дочь (или жена) Лисака». Такие фамилии на -ов типичны для русского Северо-Запада и центральных областей. Встречаются они и в украинской среде, но там чаще используется суффикс -енко. Фамилия Лисакова — женская форма; мужская — Лисаков.

В ономастических трудах, например у Б. Унбегауна, фамилии от названий животных разбираются как один из самых древних пластов русских прозвищ. Лисак — не исключение. Это имя встречается в документах XVI–XVII веков, что говорит о его давней истории. В современных справочниках фамилия фиксируется в нескольких регионах России, но не входит в число самых частых, что делает её носителей носителями редкого, но выразительного родового имени.