Фамилия Лисаконова образована от прозвища Лисакон. Самая вероятная версия связывает его с украинским словом «лiсак», что означает «лысый». Скорее всего, прозвище дали человеку из-за отсутствия волос — по внешней, бросающейся в глаза примете. Однако у слова «лiсак» есть и переносный смысл: так могли назвать опытного, бывалого человека, прошедшего огонь и воду. Какая из этих трактовок верна для конкретного предка, сегодня уже не установить, но обе логичны и укладываются в народную традицию давать прозвища.

Фамилия довольно редкая, и её структура заслуживает отдельного внимания. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Лисакон → Лисако́нов → «сын Лисакона». Но интереснее здесь основа. В ней прослеживается украинский корень, что намекает на южнорусские или малороссийские корни рода. Фамилии с таким звучанием чаще встречаются в областях, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской губерниях.

Есть и другая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. Она связывает фамилию с топонимом Лисаковск — городом в Костанайской области Казахстана, стоящим на правом берегу реки Тобол. В этом случае Лисаконова мог получить человек, выходец из этого города. Однако такая гипотеза слабее: топонимические фамилии обычно образуются с помощью суффиксов -ский/-цкий (Лисаковский), а не -ов. К тому же город Лисаковск основан лишь в середине XX века, что делает эту версию маловероятной для старинной фамилии.

Таким образом, скорее всего, предок носителя фамилии Лисаконова был человеком с прозвищем Лисакон — либо лысым, либо много повидавшим на своём веку. Фамилия закрепилась за его потомками в форме отчества, и сегодня она хранит память о той давней характеристике.