Фамилия Лисаконов образована от личного прозвища Лисакон. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную цепочку: в основе лежит прозвище Лисакон, к которому добавился типичный русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лисакона). Само прозвище Лисакон, скорее всего, восходит к украинскому слову «лiсак», что значит «лысый». В таком случае фамилия указывала на особенность внешности предка — отсутствие волос на голове. Однако в южнорусских и украинских говорах «лисаком» могли называть не только лысого, но и опытного, бывалого человека, прошедшего огонь и воду. Прозвище могло закрепиться за тем, кто много повидал и умудрён жизнью.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с топонимом Лисаковск — городом в Костанайской области Казахстана на правом берегу реки Тобол. Если допустить, что фамилия образована от названия этого населённого пункта, то предок Лисаковых мог быть выходцем оттуда. Но эта гипотеза слабее: сам город Лисаковск — молодой, основан в 1950-х годах, а фамилии с суффиксом -ов обычно формировались значительно раньше, в XV–XVII веках. Прозвищное происхождение выглядит гораздо правдоподобнее.

Фамилия довольно редкая. Её необычность — в двойном суффиксе: -ак-он-ов. Сначала от основы «лис» (лысый) образовали прозвище с уменьшительно-уничижительным суффиксом -ак (Лисак), затем к нему добавили ещё один суффикс -он (Лисакон), и лишь потом — фамильное окончание -ов. Такая многоступенчатая модель встречается нечасто и говорит о том, что прозвище бытовало в живой речи несколько поколений, прежде чем закрепиться в фамилии. О точном месте и времени возникновения фамилии Лисаконов сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным, а письменные источники по такой редкой фамилии скудны.