Фамилия Лишинский — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Её основа — «Лиш(а)» — могла быть и личным именем, и прозвищем, и даже географическим названием, поэтому единого корня здесь нет, но есть две главные версии, и обе ведут в разные социальные слои.

Первая и самая вероятная версия — происхождение от уменьшительной формы имени Елисей. В народной речи имя Елисей (от древнееврейского «Бог — спасение») сокращалось до Лишей, Лиша. Суффикс -ин- в фамилии Лишинский указывает на принадлежность: «сын Лиши». А вот окончание -ский — уже более поздний элемент, характерный для шляхетских и дворянских фамилий на западе России, в Беларуси и на Украине. То есть изначально был Лишин, а потом, при оформлении документов или переходе в другое сословие, фамилию «подтянули» под польскую или малороссийскую модель, добавив -ский. Так крестьянский или мещанский Лишин мог стать Лишинским — звучало солиднее.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта вроде Лишино, Лишинка или Лишины. Такие деревни есть, например, в Псковской и Брянской областях, а также на территории современной Беларуси. В этом случае Лишинский — это «тот, кто родом из Лишина». Суффикс -ский в таких фамилиях — стандартный признак географического прозвища (сравните: Загорский, Озерский). Носитель фамилии мог быть переселенцем, которого записали по месту выхода.

Менее вероятно, но возможно, что основа «лиш-» восходит к древнерусскому прозвищу Лишний — так могли назвать человека, который остался лишним в семье, родился не вовремя или отличался от других. Но в этом случае фамилия обычно звучала бы как Лишнев или Лишнёв, а не Лишинский.

Фамилия Лишинский — не самая частая, и её география тяготеет к западным регионам России и к Украине. Встречается она и у потомков польской шляхты, и у крестьян, получивших фамилию при переписях XIX века. Из-за двойственной природы суффикса -ский (он может быть и «дворянским», и «топонимическим») точное сословие предков определить без генеалогического поиска сложно. Но одно ясно: фамилия образована от прозвища или имени, которое было в ходу в народной среде, а потом получило книжную обработку.