Фамилия Лишук — типичный пример восточнославянской модели с уменьшительным суффиксом -ук/-юк, который распространён прежде всего на западе Украины и в Беларуси. Этот суффикс в фамилиях обычно указывал на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Лишук — это, скорее всего, «сын Лиша» или «потомок Лиша».

Основа «Лиш-» восходит к краткой форме имени. Чаще всего её связывают с каноническим именем Галактион (в просторечии — Лактион) или с именем Елисей. В народной речи эти имена сокращали до форм Лиш, Лиша, откуда и пошло прозвище. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «лишний» — так могли прозвать третьего, пятого или просто «лишнего» ребёнка в семье, хотя для такой модели типичнее суффикс -ак (Лишак).

Географически фамилия Лишук тяготеет к Волынской, Ровенской и Житомирской областям, встречается также в южных районах Беларуси. Это подтверждает ареал суффикса -ук, который в этих краях вытеснил великорусские -ов и -ин. Социально предки Лишуков, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ук в массе своей недворянские, хотя отдельные шляхетские роды с такой моделью тоже известны.

В написании фамилии встречается вариант Лищук — с мягким знаком, который меняет произношение, но не происхождение. Оба варианта — результат одного и того же словообразовательного процесса, просто в разных диалектах по-разному смягчали конечный согласный основы.