Фамилия Лишай — редкая и неоднозначная, с ярко выраженной прозвищной основой. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или названий профессий, эта фамилия скорее всего происходит напрямую от нарицательного слова «лишай» — кожного заболевания. В старину прозвище Лишай могли дать человеку, страдавшему этой болезнью или имевшему заметные следы на коже. Такие «медицинские» прозвища были распространены в крестьянской среде: они не несли оскорбительного смысла, а служили простым и точным указанием на внешность.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «лишать» — в некоторых говорах так называли скупого, обделяющего других человека, или, наоборот, того, кто сам всего лишён. Однако эта гипотеза слабее, поскольку прямое совпадение с названием болезни встречается в русской ономастике чаще, чем метафорические переносы от глагола.

Фамилия оформлена по типичной модели: основа «лишай» осталась без суффикса, то есть это так называемая «нулевая» фамилия, застывшая в форме прозвища. Такое встречается в основном на севере и северо-востоке России (например, фамилии Сорока, Шестак, Лишай). В центральных и южных регионах предпочли бы форму Лишаев или Лишайкин, но здесь мы видим архаичный вариант, который не подвергся русификации через суффиксы -ов/-ев.

В дореволюционных переписях фамилия фиксируется спорадически. По данным на начало XX века, основная масса носителей проживала в Вологодской и Архангельской губерниях, что косвенно подтверждает гипотезу о северном происхождении. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной. В современной России её можно встретить в Архангельской области, а также в Сибири, куда переселенцы увозили прозвища с собой. Любопытно, что фамилия не перешла в разряд «говорящих» для носителей — в быту она давно утратила связь с болезнью и воспринимается как обычное родовое имя.