Фамилия Лишайко — яркий пример украинской модели фамилии, которая выдает происхождение носителя с высокой долей вероятности. Суффикс -айко характерен для западных и центральных регионов Украины, в частности для Волыни, Подолья и Галичины. По такой же схеме образованы фамилии Грицайко, Стецайко, Михайко. Здесь суффикс не просто уменьшительно-ласкательный, а указывает на сына или потомка человека, чье имя или прозвище легло в основу.

Корень «Лиш-» неоднозначен, и это делает фамилию интересной для разбора. Самая прямая версия — от слова «лишай» (кожное заболевание). В народе такое прозвище мог получить человек, переболевший лишаем или имевший заметные следы на коже. Прозвища по болезням и внешним дефектам в крестьянской среде давали без злого умысла — как отличительный признак, и они закреплялись в фамилиях.

Есть и более редкая версия: связь с глаголом «лишати» (лишать, отнимать). В этом случае прозвище Лишай могло означать человека, который отнимает что-то у других — не обязательно в криминальном смысле, скорее как насмешливое обозначение хитрого или прижимистого хозяина. Но эта гипотеза слабее: в украинской антропонимии прозвища от «лишати» почти не встречаются, тогда как «лишай» как прозвищное имя фиксируется в исторических документах.

Встречается также написание Лишайко с одним «й», но это чисто орфографический вариант, не меняющий сути. Фамилия не относится к дворянским или старым шляхетским — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, возникшая не ранее XVI–XVII веков, когда на украинских землях активно формировались фамилии на -айко. Носители фамилии Лишайко сегодня рассеяны по всей Украине, но наибольшая плотность исторически приходится на Винницкую, Хмельницкую и Житомирскую области.