Фамилия Лишина — типичный пример русской «материнской» фамилии, образованной через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Лишина буквально означает «дочь (или жена) Лиши». Исходное мужское прозвище или имя Лиша, скорее всего, происходит от глагола «лишить» или существительного «лихо». В русских говорах «лиша» могло означать «лишний, излишний», а также «беда, горе» в значении «лихо». Поэтому прозвище Лиша давали либо человеку, который был «лишним» в семье (например, позднему или нежеланному ребенку), либо, наоборот, тому, кто приносил несчастья — с долей иронии или как оберег (чтобы злые силы не тронули).

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые обычно образовывались от отчеств, фамилии на -ин чаще возникали от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае основа Лиш- с чередованием согласных (ср. «лихой» — «лише»). Если бы фамилия происходила от полного церковного имени, она звучала бы иначе — например, Лихачёв (от «лихач»). А Лишина — это именно прозвищная форма, что указывает на незнатное происхождение первых носителей: скорее всего, крестьяне или посадские люди.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где были сильны диалектные формы слов. Интересно, что в старых писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти крестьян по прозвищу Лиша, но без фамильного закрепления — фамилия окончательно оформилась уже после отмены крепостного права, когда прозвища стали передаваться по наследству.

Есть и другая, менее вероятная версия: от уменьшительной формы имени Елисей (через вариант Елиша → Лиша). Но она не объясняет семантику «лишнего» и редкость фамилии — Елисеевых в разы больше, чем Лишиных. Поэтому основной остается версия с прозвищем от «лихо» или «лишний».