Фамилия Лизенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффиксальный тип, самый массовый в Украине, изначально означал «сын» или «потомок»: Лизенко — буквально «маленький Лиза» или «сын Лизы». Но за основой «Лиза» стоит не женское имя, а мужское прозвище.

Самая вероятная версия связывает фамилию с просторечной формой имени Елизар. Полное имя Елизар пришло из древнееврейского языка и означает «Бог помог». В быту его могли сокращать до Лиза, а от этой формы и пошла фамилия. То есть предок носителя фамилии Лизенко, скорее всего, носил имя Елизар, а в обиходе его звали Лиза.

Есть и другое объяснение, хотя оно менее популярно. Слово «лиза» в украинских говорах могло быть прозвищем лизуна — человека, который любит сладкое, или же того, кто «лижет», то есть льстит, подлизывается. В этом случае фамилия указывала бы на черту характера или привычку первого носителя.

По суффиксу Лизенко однозначно относится к восточноукраинским фамилиям (современные центральные, северные и восточные области Украины). В западных регионах чаще использовали суффиксы -ук, -юк или -ак. Таким образом, предки Лизенко жили на землях, где модель на -енко была основной — это говорит о происхождении из казацкой или крестьянской среды, а не из шляхетской.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лизин (русская, на -ин), Лизов (русская, на -ов), Лизенко (украинская). Все они восходят к одному корню, но различаются по территории и способу образования. Фамилия Лизенко — не редкая, но и не массовая; её география охватывает в основном Полтавщину, Черкащину и соседние области.