Фамилия Лобутов образована по простой и распространенной модели: к основе — прозвищу Лобут — добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Лобутов, то есть сын или потомок Лобута). Само прозвище неоднозначно, и у него есть как минимум два объяснения.

Первая версия связывает Лобута с диалектным словом «лабуть» — так в некоторых говорах называли неуклюжего или несообразительного человека. Вторая, более предметная, отсылает к слову «лабуты»: лапти, грубая обувь из лыка. В этом случае Лобутом могли прозвать либо того, кто постоянно ходил в лаптях (в отличие от более зажиточных соседей, носивших кожаную обувь), либо мастера-лапотника, который эти лабуты плел на продажу.

В исторических документах встречаются родственные фамилии. С. Б. Веселовский в своих ономастических работах упоминает казачьего голову Василия Лабутина из Вологды (1612 год) и Василия Борисовича Лабутина из Дмитрова (1627 год). Форма Лабутин стоит в том же ряду, что и Лобутов, и отличается только суффиксом (-ин вместо -ов), что для русских фамилий XVI–XVII веков обычное дело: выбор суффикса часто зависел от местной традиции или звучания основы.

Таким образом, фамилия Лобутов — это типичное «отпрозвищное» именование, которое закрепилось за потомками человека по прозвищу Лобут. В основе лежит либо характеристика характера (неповоротливый человек), либо указание на род занятий или социальный статус (носитель лаптей, лапотник). Обе версии правдоподобны, но вторая — с ремеслом или бытовой деталью — выглядит более конкретной и потому предпочтительной.