Фамилия Логос — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет прямое и очевидное заимствованное значение. Внешне она выглядит как типичная фамилия на -ос (ср. Калос, Космос), но её основа — греческое слово λόγος (logos), которое в русском языке закрепилось в философском и богословском смысле: «слово», «разум», «смысл», «закон мироздания».

Словообразовательная модель здесь проста и необычна. Фамилия не имеет привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а представляет собой чистую основу. Это характерно для поздних искусственных фамилий, которые давались в духовных училищах и семинариях. В XIX веке будущим священникам и церковнослужителям нередко присваивали фамилии, образованные от греческих и латинских терминов, связанных с христианским учением. Так появились фамилии Философов, Ангелов, Апостолов — и Логос, скорее всего, стоит в том же ряду.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — прозвище. В среде грамотных людей или в старообрядческой среде человека могли прозвать Логосом за склонность к назидательным беседам, книжность или красноречие. Однако прозвища на -ос в русской крестьянской среде крайне редки, поэтому версия с семинарским происхождением выглядит убедительнее.

География фамилии неширокая. Логос встречается в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что косвенно подтверждает её книжное, а не диалектное происхождение — семинарии были разбросаны по всей империи, но фамилия не успела распространиться в народе.

Сравните с однокоренными фамилиями: Логинов — от имени Логин (лат. Longinus), Логофет — от византийского титула. Логос стоит особняком: это не адаптация чужого имени, а прямое терминологическое заимствование. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок выпускника духовной школы, получившего звучную фамилию как напоминание о высоком предназначении слова.