Фамилия Логунков образована от разговорной формы крестильного имени Лонгин. Само имя Лонгин латинского происхождения и переводится как «длинный», «долгий» или «высокий». В народной речи это имя звучало проще — Логун, что и стало основой фамилии.

Суффикс -ов в фамилии Логунков указывает на типичную для русских фамилий модель принадлежности: «чей?» — Логунков, то есть сын или потомок Логуна. Интересно, что в данном случае суффикс присоединился не напрямую к основе «Логун», а к форме Логунко, что характерно для украинского или южнорусского влияния. Вероятно, родоначальник носителей фамилии был выходцем с территорий, где было распространено окончание -ко (как в украинских фамилиях), а после переезда в центральную Россию фамилию русифицировали, добавив -в.

У имени Лонгин много святых покровителей. Среди них преподобный Лонгин Коряжемский (память 23 февраля), преподобный Лонгин Яренгский (16 июля) и мученик Лонгин Мелитинский (20 ноября). В народной среде, где имя Логун бытовало чаще всего, именины могли отмечать в один из этих дней.

Скорее всего, основатель рода Логуновых (а затем и Логунковых) был человеком из рабочей или крестьянской среды. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что подтверждает её простонародное происхождение. Географически фамилия Логунков чаще всего встречается в южных регионах России и в Поволжье — областях, где исторически было сильное переселенческое движение с Украины.

Однокоренные фамилии — Логунов, Логинов, Лонгинов. Но Логунков стоит особняком: в ней сохранился редкий для русского именослова переход от формы на -ко к стандартному патронимическому суффиксу -ов. Это делает фамилию своеобразным маркером миграционных процессов XVIII–XIX веков.