Фамилия Логунцов восходит к именованию Логунец. Логунцом, очевидно, прозвали сына человека по имени Логун, то есть маленького Логуна (суффикс -ец может иметь уменьшительное значение). Само имя Логун является просторечной формой имени Лонгин (или Логгин). Это имя восходит к римскому слову longus, что значит «длинный» (в переносном значении - «высокий»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Логун, со временем получил фамилию Логунцов.