Фамилия Логунцов — это типичная русская фамилия, образованная по патронимической модели: она отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность конкретному человеку. В основе фамилии лежит личное именование Логунец. Скорее всего, так в быту называли сына человека по имени Логун, то есть Логунец — это «маленький Логун». Уменьшительный суффикс -ец в этом случае работает так же, как и в словах «братец» или «молодец», подчеркивая младший возраст или родственную связь.

Само имя Логун — это просторечная, народная форма канонического крестильного имени Лонгин (в церковной традиции также встречается написание Логгин). Имя это пришло на Русь из Византии вместе с православием, а его корни уходят в латынь: латинское longus означает «длинный». В переносном смысле имя трактовали как «высокий», «рослый». Таким образом, имя Логун мог получить высокий человек, а его дети и внуки, постепенно утратив связь с первоначальным значением, закрепили за собой фамилию Логунцовы.

Фамилия Логунцов вписывается в ряд однокоренных русских фамилий, образованных от той же основы: Логунов, Логинов, Логвинов. Разница в суффиксах объясняется местными говорами и разными способами оформления фамилий: где-то закрепилась форма на -ов, где-то — на -ин или -цов. Форма Логунцов — более редкая, она характерна для южнорусских и некоторых центральных областей, где суффикс -ец активно использовался для обозначения потомка.